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虽然我国环境监测分析方法中的检测参数基本齐全，但是一些重要的污染物指标缺乏相应的监测方法标准。
（1）我国环境监测方法的开发研究和标准化工作常常落后于“环境质量标准”和“污染物排放标准”的制定。有些环境质量标准设置的污染物指标没有推荐出合适的测定方法。如《地表水环境质量标准》和《生活饮用水卫生标准》中一些项目缺乏推荐的标准监测方法。
（2）污染源的监测还是以常规污染物因子为主，基本不涉及特征污染物因子。随着经济和 技术的飞速发展，尤其是许多新型的行业，产生了许多以前不常见或未知的污染因子。这种情况下，仅按照原来的测试因子已很难反映出企业实际污染状况，这是目前我国环境监测标准中的各项指标还存在着一些检测盲点。
例如： 有机污染物(如醛类、酮类)、微量元素污染物是城市环境中对人体健康影响和危害较大的，但是目前我们对微量有机污染物的来源、负荷、危害及影响情况了解不很清楚，监测技术尚不配套和完整。痕量金属、VOC s等仍然缺失相应地分析方法。
有些污染物的监测方法未考虑污染物的存在形态及其生物有效性。重金属在自然环境中有多种存在形态，包括有机态和无机态，以及不同价的态。重金属不同的存在形态的毒性差别很大，比如有机汞、Cr(VI)、As(III)等。因此测定重金属在环境中的含量时，应该根据它们的存在形态，选择适当的浸提剂和浸提条件制备待测溶液。
有些毒性较大的环境污染物没有列入环境质量标准，因而也没有相应的监测方法标准。当前我国电子垃圾拆解引起的环境和健康问题逐渐引起公众的注意，其中新增PO Ps溴系阻燃剂(BFR s)的问题也是国际上的热点环境问题。我国还没有建立任何一种溴系阻燃剂的监测方法标准。环境空气中的雾霾(PM2.5)是当前引起公众关注的热点问题，目前还欠缺相应的监测方法标准。
生物污染监测包括对生物样品中重金属、PAH 、PCB等污染物的监测与分析。我国生物污染监测分析标准方法标准体系严重不足，特别是缺乏生物样品采集、保存和样品前处理的方法标准。
（3）有些现行监测方法标准有待改进和更新
有些现行监测方法标准的适用性和可操作性尚待提高。个别标准配套的监测方法的检测限与标准限值相同而不能适用。有些现行分析方法还要依靠人的感官判断，客观性差。如恶臭的测定，依靠检测人员的嗅觉，测定结果缺乏客观性。恶臭气体采样方法也需要进一步改进。不少现行标准采用的监测技术较为落后，使用的试剂为目前禁用的试剂。一些国内外现有的先进仪器分析方法还没有上升为国家标准或行业标准。新型生物技术监测方法在环境污染物监测领域的标准化应用方面严重不足。
（4）尚未建立突发环境事件应急监测分析方法标准体系
国家标准涵盖面不够广，更新也不及时，导致工业生产和农业生产中容易造成环境污染的部分参数未受监控，特别是在发生应急事故时。如：我国2006年颁布《***突发环境事件应急预案》，2010年颁布《突发环境事件应急监测技术规范》。目前，我国的应急监测技术还没有形成一套完整的体系，已有的监测方法标准大多不适合突发污染事故的现场快速、动态测定，且分析成本较高。发达***应急监测仪器体积小、重量轻、分析速度快、操作简便、种类繁多，有些仪器的性能指标接近或达到实验室仪器的水平，而应急仪器、设备能源和溶剂的消耗却大大减少，相比之下我国环境还有一定差距，而且应急仪器方法多为非标方法，许多监测数据只能作定性或半定量使用。事故应急的简易、快速现场测定方法应与相应的现行标准方法进行比对，立正尽快提升为标准方法。
目前我国水质和废水环境监测分析中缺乏系列性，所选定的参数不能***反映水环境质量情况。在这方法水和废水的环境监测分析方法有待进一步完善。如以下情况：
（1）我国目前现有的水环境质量标准和污水的发放标准与现有的标准中给的分析方法不配套。例如：产品标准中要求大肠菌群数单位是个/g,但是产品标准中规定的大肠菌群数的检测方法中单位是：cfu/g 。这种情况而导致此项目不能评定合格与否更不能反映出环境质量情况。没有达到环境质量标准与参数分析方法一一对应。
（2）污染物的采样和分析方法缺乏系统性，不同类型的污染物采用不用的采样方法和分析方法。例如：《地表水环境质量标准》 GB 3838-2002中的“集中式生活饮用水源地特定项目”其中80个项目需要采用近20种国家标准或行业标准方法、近60种其它约定的方法，每种方法均有单独的样品采集、保存、前处理及分析方法，配齐所有项目所需的试剂及耗材耗时耗力，给现场样品采集和实验室分析带来很大的麻烦，不利于监测项目的开展和标准的执行。
（3）一些检测参数在采样和分析方法过程中受干扰因素影响较大，需要对监测分析方法进行不断地完善和改善，尽量***干扰因素的影响。例如：集中式生活饮用水源地中80个特定项目、黄磷、丁基黄原酸等。
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